A család Adolf Hitler hatalomra kerülése után menekült el Németországból Hollandiába. Hollandiát a németek 1940 májusában lerohanták és megszállták. 1942 nyarán Anne nővére, Margot behívót kapott „munkára Németországba”. A családfő, Otto Frank tudta, hogy a behívó deportálást jelent, így már másnap elrejtőztek. Frankék egy másik családdal 25 hónapig bujkáltak Amszterdam belvárosában, Otto cégének hátsó épületében mindaddig, amíg egy máig ismeretlen személy fel nem jelentette őket. A rejtőzőket először Westerborkba, majd Auschwitzba hurcolták, ahonnan Annét és nővérét, Margot-t Bergen-Belsenbe vitték tovább. 1945 március első heteiben, a tábor felszabadulása előtt néhány héttel mindketten tífuszban haltak meg. Anne édesanyja Auschwitzban lelte halálát. Édesapjuk, Otto Frank megmenekült. Amszterdamba hazatérvén tudta meg, hogy felesége meghalt a koncentrációs táborban, később a Vöröskereszten keresztül kapott értesítést lányai haláláról. Anne naplóját az egyik bújtatótól, Miep Gies-től kapta meg.
Részlet a könyvből:
„Politikáról sokkal többet írhatnék, ha nem kellene rengeteg más eseményről is beszámolnom. Először is anya megtiltotta, hogy oly gyakran feljárjak Peterhez, mert észrevette, hogy Van Daanné féltékeny rám. Másodszor pedig Peter megkérte Margot-t, hogy velem együtt ő is járjon fel hozzá. Csak azt nem tudom, hogy udvariasságból hívta-e, vagy komolyan szeretné, ha feljárna. Harmadszor megkérdeztem apát, mi a véleménye, érdemes-e zavartatnom magam Van Daanné féltékenykedése miatt. Apa szerint nem kell törődnöm vele. Most hát mitévő legyek? Anya talán azért haragszik, mert ő is féltékeny? Apa viszont nem sajnálja tőlünk ezt a néhány kellemes órát, sőt örül, hogy olyan jól megértjük egymást. Margot is szereti Petert, de érzi, hogy vannak olyan dolgok, amelyeket kettesben meg lehet beszélni, hármasban azonban nem.”