Az orvos Szinuhe thébai magánéleti botránya és bűnei miatt elmenekül Egyiptomból. Azonban más országokban anyagi sikereket és fontos tapasztalatokat szerez. Többek között Babilonban és a minószi Krétán. Babilonban ismeri meg Mineát, a király egyik újonnan rabolt háremhölgyét, aki ráveszi, hogy szöktesse el onnan. Szinuhe ezt meg is teszi, és szerelemre ébred a krétai származású lány iránt. Ezért Hattin keresztül Krétára utaznak, hogy Minea felszabadulhasson istenének tett szüzességi esküje alól. Azon az éjszakán azonban, mikor erre sor kerülne, Mineát feláldozzák.
Szinuhét útján végig elkíséri hű szolgája, Kaptah. Szinuhe az őt ért hatalmas veszteség miatt visszautazik Egyiptomba. Megismeri Meritet, a Krokodilfarok nevű kocsma tulajdonosnőjét, s vele is meghitt kapcsolatot létesít. Amikor Ehnaton fáraó az új fővárosba hívatja Szinuhét, a férfi szó nélkül elutazik. Ehnaton vallási reformjai végül megbuknak, és Szinuhe beadja a gyógyszernek mondott halálos mérget a fáraónak, mert a zavargásokban Meritet is megölték.
Szinuhe ezek után örökké magányos marad. Tanúja lesz, amint egykori barátja, Horemheb elfoglalja a fáraói széket. Horemheb száműzi Szinuhét, mivel túl sokat tud az életéről. Az idős Szinuhe egyedül, a tengerparton, állandó őrizet alatt megírja életét.